W sytuacji gdy dowód księgowy budzi wątpliwości organu podatkowego co do tego czy obrazuje on rzeczywiste zdarzenie może dojść do wszczęcia tzw. kontroli krzyżowej u kontrahenta. Jeżeli dana faktura została zaksięgowana u kontrahenta jako koszt (bądź przychód) to należy przyjąć (chyba że można udowodnić coś innego), że faktura ta obrazuje rzeczywiste zdarzenie gospodarcze. Kontrole krzyżowe w postępowaniu szacunkowym (lub w celu uniknięcia tego postępowania) przeprowadza się w celu uzupełnienia materiału dowodowego umożliwiającego ustalenie podstawy opodatkowania na podstawie dokumentów źródłowych, mimo że księgi podatkowe zostają odrzucone. Czynności  kontroli skarbowej nie są kontrolą, ale elementem postępowania dowodowego. Nie mają więc do nich zastosowania przepisy dotyczące czasu trwania kontroli, nie obowiązuje też zasada prowadzenia jednej kontroli w danym czasie. Uprawnienia organów skarbowych w zakresie  kontroli krzyżowej trochę się różnią. Organy...